南京航空航天大学男子足球队是南航运动队中有较长历史的一支队伍，早在建校初期（1952年）就与当时的国家青年队有过交锋，队员均接近专业水平。改革开放后，以普通学生组成的足球队屡次参加省、市级高校的足球比赛，成绩一直保持在省内前六名。从1999年开始，根据教育部有关政策，逐渐开始招收高水平运动员。队伍成绩逐年上升，十一人制方面保持在省内前三名、两次打入全国16强；五人制方面保持在省内前两名并在全国范围内多次打入前八名，2009年起连续三届代表南京参加了中国足协室内五人制足球甲级联赛。

足球队长期坚持不懈，始终保持全国及全省较好成绩。近几年，足球队先后为五人制足球国家队、五人制足球U20国家队、沙足国家队、国奥队等国字号队伍输送6名球员；为中超、中甲、中乙以及五超联赛等国内顶级赛事俱乐部输送5名球员。

代表性荣誉：

2024年  2023年中国大学生五人制足球联赛（男子组）全国总决赛  第六名

2023年  2023年中国大学生五人制足球联赛（男子组北区）  第六名

2022年  江苏省第二十届运动会高校部足球（甲A男子组)比赛  季军

2019年  2019年中国大学生五人制足球联赛（男子组北区）  第五名

2018年  中国大学生男子五人制足球联赛（江苏赛区）  冠军

2017年  2016-2017“特步”中国大学生五人制足球联赛（江苏赛区）  冠军

2016年  2015-2016赛季“特步”中国大学生五人制足球联赛北大赛区  第七名

2015年  2015-2016“特步”中国大学生校园足球联赛（江苏赛区）  第三名

2014年  中国大学生室内五人制足球联赛南区决赛  亚军

2014年  中国大学生室内五人制足球联赛全国总决赛  第三名

2014年  中国大学生足球联赛江苏赛区  季军

2013年  2013年中国大学生五人制足球联赛（男子组）全国总决赛  第三名

2013年  2013年中国大学生五人制足球联赛（男子组北区）  冠军